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iOS8以降から外部アプリからファイルをインポートする事ができますが、一度インポートしたファイルを別の場所で更新した後に再度インポートしても内容が更新されない問題が発生しています。

外部アプリの呼び出し等はiOSの提供する機能を使用していますが、処理の流れは以下の様になっています。
※本アプリが外部アプリを直接呼び出して使用している訳ではありません。

1. 本アプリからiOSにファイルのインポートを指示。
2. iOSがファイルのインポートに対応したアプリ一覧を表示。
3. ユーザーがアプリ一覧からアプリを選択し、ファイルを選択。
4. iOSが一時ファイルを作成し、本アプリにURLを渡す。(この時点で一時ファイルの内容が更新されていない)
5. 本アプリは渡された一時ファイルのURLを元にインポート処理を行う。

本アプリは、iOSから渡された一時ファイルのURLを元にファイルを処理をしていますが、この一時ファイルの時点で内容が更新されていません。
上記の様に、iOSが途中で作成する一時ファイル自体が更新されていない為に発生している問題です。本アプリ自体の問題ではありません。

一時ファイルを作成するiOS自体の問題と判断し、現在Appleに報告して修正依頼中です。

インポート機能を使わなくてもファイルの転送機能を使って外部アプリからファイルを受信する事は可能です。
勿論、その外部アプリがファイルの転送機能を持っている必要がありますが、転送機能を持っている場合は逆に本アプリで編集したファイルを「送る」機能で返す事も可能です。